Xây dựng mô hình docking của các chất ức chế bơm ngược ABCC2/MRP2

Abstract

Bơm ABCC2 (ATP Binding Cassette subfamily C member 2) thuộc họ bơm sử dụng năng lượng ATP để vận chuyển các chất qua màng. Bơm ABCC2 còn được gọi là MRP2 (Multidrug Resistance Protein 2) vì bơm góp phần gây ra tình trạng kháng thuốc ở các tế bào ung thư. Bơm phân bố ở tế bào biểu mô ống mật ở gan, tế bào ống lượn gần, tế bào biểu mô ruột do đó bơm ảnh hưởng đến sự hấp thu và đào thải các chất độc nội sinh và các thuốc sử dụng đường uống. Trong đề tài này, mô hình mô tả phân tử docking được xây dựng nhằm xác định tương tác của các chất ức chế với các acid amin tại khoang trung tâm và dự đoán các chất có khả năng ức chế hoạt tính bơm. Công cụ FlexX tích hợp trong LeadIT được sử dụng để nghiên cứu mô hình mô tả phân tử docking của 204 chất có hoạt tính ức chế bơm. Cấu trúc homology của bơm ABCC2 được xây dựng bằng server tự động I-TASSER. Kết quả docking tại khoang trung tâm trên bơm ABCC2 cho thấy Arg943 là acid amin quan trọng tại khoang gắn kết, Arg943 tạo 2 liên kết hydro và 1 tương tác kỵ nước với đa số các chất ức chế. Đề tài đã xây dựng được mô hình homology của bơm ABCC2 bằng server I-TASSER với chất lượng tốt và độ tin cậy khá cao. Mô hình này tạo cơ sở cho việc docking các chất ức chế vào khoang trung tâm nhằm tìm ra các aicd amin và các liên kết quan trọng tại khoang gắn kết.